Una dia, Sean Anderson recibe una señal de auxilio codificada desde el oceano, en donde no debería haber isla alguna. Lo más inquietante es que la señal parece haber sido lanzada por el abuelo del muchacho, quien ha dedicado toda su vida a encontrar la Isla Misteriosa descrita por Julio Verne en sus libros. Su padrastro Hank se une a él cuando descubre sus planes para ir a buscar al desaparecido sabio, en compañía del único piloto de helicoptero que quiere hacer el viaje y de su decidida hija.